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      技術(shù)服務(wù)

      6、高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析

      作者:lmzly 來源:本站 發(fā)布時(shí)間: 2011-11-24 11:03  瀏覽次數(shù):
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      6-1、基本數(shù)據(jù)分析:

      (1)   序列前處理工作,包括成對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)的序列匹配,裁減低質(zhì)量部分,數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換等

      (2)   序列拼接,Scaffolding,對(duì)454數(shù)據(jù)的homopolymer進(jìn)行修正等。

      (3)   用多種主流基因預(yù)測(cè)軟件預(yù)測(cè)基因并挑選最合適的代表基因結(jié)構(gòu)。

      (4)   tRNA/rRNA識(shí)別和分類。

      (5)   基因組GC含量分析,并識(shí)別特異區(qū)域。

      (6)   基因功能注釋(包括同源注釋和蛋白結(jié)構(gòu)域識(shí)別)。

      (7)   基因功能分類,參照Gene OntologyCOG標(biāo)準(zhǔn)(由用戶指定標(biāo)準(zhǔn))。

       

      6-2、生物信息高級(jí)分析:

      (1)   提供圖型化界面由用戶人工確認(rèn)基因結(jié)構(gòu)和基因功能注釋。

      (2)   重復(fù)序列識(shí)別和分類。

      (3)   基因家族識(shí)別和聚類。

      (4)   基因功能聚類,參照FunCatDB標(biāo)準(zhǔn)。

      (5)   代謝調(diào)控途徑識(shí)別和重建。

      (6)   轉(zhuǎn)錄因子(Transcription Factor)識(shí)別和分類分析。

      (7)   分泌蛋白識(shí)別和分析。

      (8)   蛋白激酶識(shí)別和分析。

      (9)   轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(Transporter)識(shí)別和分析。

      (10)  假基因(pseudogene)識(shí)別和分析。

      (11)  SSR標(biāo)記模式識(shí)別和預(yù)測(cè)。

      6-3、表達(dá)組深度測(cè)序分析:

      (1)   深度測(cè)序Mapping和表達(dá)差異統(tǒng)計(jì)分析。

      (2)   cSNP識(shí)別。

      (3)   依據(jù)表達(dá)量進(jìn)行基因功能聚類,由已知基因推斷未知基因功能。

      6-4、比較基因組分析

      1Synteny block分析。

      2)其他比較基因組分析。

       

      6-5、基因組數(shù)據(jù)庫構(gòu)建

      (1)   構(gòu)建項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫:

      (2)   項(xiàng)目整體介紹(包括一些個(gè)性化圖片等)。

      (3)   BLAST序列比對(duì)界面。

      (4)    基因組總體結(jié)構(gòu)瀏覽界面(GenomeBrowser)。

      (5)     分類基因?yàn)g覽界面(FunCatDBGene Ontology樹形瀏覽各   類別的基因)

      (6)   有特色的基因家族瀏覽界面(需用戶提供驗(yàn)證過的數(shù)據(jù))。

      (7)   有特色的代謝調(diào)控途徑瀏覽界面(需用戶提供驗(yàn)證過的數(shù)據(jù))。

       

       

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