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6-1、基本數(shù)據(jù)分析: (1) 序列前處理工作,包括成對測序數(shù)據(jù)的序列匹配,裁減低質(zhì)量部分,數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換等 (2) 序列拼接,Scaffolding,對454數(shù)據(jù)的homopolymer進(jìn)行修正等。 (3) 用多種主流基因預(yù)測軟件預(yù)測基因并挑選最合適的代表基因結(jié)構(gòu)。 (4) tRNA/rRNA識別和分類。 (5) 基因組GC含量分析,并識別特異區(qū)域。 (6) 基因功能注釋(包括同源注釋和蛋白結(jié)構(gòu)域識別)。 (7) 基因功能分類,參照Gene Ontology或COG標(biāo)準(zhǔn)(由用戶指定標(biāo)準(zhǔn))。 6-2、生物信息高級分析: (1) 提供圖型化界面由用戶人工確認(rèn)基因結(jié)構(gòu)和基因功能注釋。 (2) 重復(fù)序列識別和分類。 (3) 基因家族識別和聚類。 (4) 基因功能聚類,參照FunCatDB標(biāo)準(zhǔn)。 (5) 代謝調(diào)控途徑識別和重建。 (6) 轉(zhuǎn)錄因子(Transcription Factor)識別和分類分析。 (7) 分泌蛋白識別和分析。 (8) 蛋白激酶識別和分析。 (9) 轉(zhuǎn)運蛋白(Transporter)識別和分析。 (10) 假基因(pseudogene)識別和分析。 (11) SSR標(biāo)記模式識別和預(yù)測。 6-3、表達(dá)組深度測序分析: (1) 深度測序Mapping和表達(dá)差異統(tǒng)計分析。 (2) cSNP識別。 (3) 依據(jù)表達(dá)量進(jìn)行基因功能聚類,由已知基因推斷未知基因功能。 6-4、比較基因組分析 (1)Synteny block分析。 (2)其他比較基因組分析。 6-5、基因組數(shù)據(jù)庫構(gòu)建 (1) 構(gòu)建項目數(shù)據(jù)庫: (2) 項目整體介紹(包括一些個性化圖片等)。 (3) BLAST序列比對界面。 (4) 基因組總體結(jié)構(gòu)瀏覽界面(GenomeBrowser)。 (5) 分類基因瀏覽界面(FunCatDB/Gene Ontology樹形瀏覽各 類別的基因) (6) 有特色的基因家族瀏覽界面(需用戶提供驗證過的數(shù)據(jù))。 (7) 有特色的代謝調(diào)控途徑瀏覽界面(需用戶提供驗證過的數(shù)據(jù))。
北京畢特博生物技術(shù)有限責(zé)任公司 http://effectnews.cn 400熱線:400-833-9299 電話:010-82015225 傳真:010-62015131 聯(lián)系人:陳娉樺 QQ:358411186 E-mail:chenph1989@163.com |
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